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A 啟動子活性分析
可以用于驗證待測啟動子是否有活性及其活性區域；組織特異性啟動子篩選及確定；新順式作用元件發現及功能鑒定。
啟動子區是RNA聚合酶的結合區，啟動子的結構直接關系到轉錄的效率。
啟動子中的-25和-70序列是RNA聚合酶所結合和作用必需的順序。-25-30TATA框（TATAbox）和-70-78CAAT框（CAAT box-CCAAT）是RNA聚合酶與啟動子的結合位點，TATA框的主要作用是使轉錄精確地起始；CAAT框和GC框則主要是控制轉錄起始的頻率，特別是CAAT框對轉錄起始頻率的作用更大。天津組學實驗
但是啟動子的其它結構，包括正調控區域、負調控區域以及增強子也能影響啟動子的功能。為了研究具體的結構域，可以將待測啟動子區域序列進行分段截短，缺失或突變掉特定位點，再分別插入LUC報告基因上游，檢測其啟動子的活性，用這種方式逐步確定啟動子的功能域。
B 啟動子與轉錄因子的結合驗證
用于研究某轉錄因子是否調控某基因的啟動子，以及它們的結合區域。
轉錄因子（TFs）是調節基因表達，以保證目的基因以特定的強度在特定的時間與空間表達的蛋白質分子。研究轉錄因子與啟動子功能時，將啟動子序列插入到報告基因載體（常用載體為pGL3-Basic Vector，將待檢測的啟動子序列構建在報告基因上游），同時在細胞實驗中共表達轉錄因子，分析熒光素酶表達水平，反映轉錄因子是否調控基因的表達。
確定轉錄因子與對應的啟動子有調控功能后，可以對啟動子進行截斷（網站可以預測到的，根據預測的結合位點對啟動子進行截斷或者突變；無法預測的可以直接每缺失500bp進行截斷）。通過熒光值對比確定哪一區域為核心區，luciferase表達強度的高低說明轉錄因子能增強或抑制啟動子的啟動能力。雙熒光素酶實驗
注意：啟動子截斷是逐步缺失遠端序列（因為核心啟動子位于靠近TSS端，缺失該處會喪失基本轉錄活性）；
C 研究microRNA與靶基因是否存在調控關系
microRNA主要通過作用于靶基因的3’UTR起作用，microRNA大部分通過成熟體種子區與3’UTR結合抑制蛋白翻譯?？梢詫⒛康幕?’UTR區域構建至報告基因luciferase的下游，再共轉入microRNA，如果熒光素酶表達下降，可以說明microRNA對目的基因的抑制作用，則待驗證序列是microRNA靶序列。出于嚴謹的考慮，通過結合定點突變進一步確定microRNA與靶基因3’UTR的作用位點。細胞動物整體實驗
D 5’UTR和3’UTR功能驗證
對于編碼基因，通常都會有5’UTR和3‘UTR，這些編碼基因的5’UTR和（或）3‘UTR可能會對基因的表達有影響。
研究5’UTR：將編碼基因的5’UTR構建到pGL3 promoter載體的熒光素酶報告基因的上游，SV40啟動子下游，通過這種結構來判斷5UTR’對基因表達的影響。
而對于3’UTR：將編碼基因的3’UTR構建到pGL3 promoter載體螢火蟲熒光素酶報告基因的下游，通過這種結構來預測3’UTR的功能，這里的3’UTR通常都是全長。
E 位于增強子內的非編碼性SNP
單個核苷酸變異，簡稱SNP。
通過構建報告系統研究SNP位點的增強子與轉錄因子是否結合為直接，根據SNP位置不同，構建方法也是不一樣的，具體如下：
1.SNP位于啟動子區域（一般5k以內）：直接構建啟動子全長至PGL3 basic
2. SNP位于啟動子上游遠端：構建SNP位置1k左右的序列與目的基因啟動子聯合構建至PGL3 basic
3.SNP位于基因內含子或者基因下游：構建SNP位置1k左右的序列至PGL3 promoter的luc下游，也可將載體本身SV40啟動子替換為目的基因啟動子。
